修改后刑事诉讼法明确将“尊重和保障人权”写入刑事诉讼法总则，这要求检察机关反渎职侵权部门在办案中既要保证准确及时地查明犯罪事实，又要保障无罪的人不受刑事追究、有罪的人的人权也受到保障，因此，查办反渎职侵权案件中应做好以下几个方面。

　　充分保护犯罪嫌疑人的辩护权。辩护权是犯罪嫌疑人的核心权利，而获得律师帮助的权利是实现辩护权的基础。修改后的《刑事诉讼法》将律师介入时间提前到侦查阶段，不仅有利于遏制乃至彻底根治刑讯逼供现象，也有利于律师及时全面地了解案情、准确有效地实施辩护权，维护犯罪嫌疑人的合法权益。

　　实现“由供到证”向“由证到供”的转变。侦查人员应当转变侦查模式，实现“由供到证”向“由证到供”的转变。“由证到供”即以收集证据为中心向零口供靠近。在口供和其他证据的关系上，法律明确要求把侦查活动的重点放在收集其他证据上，口供的使用受到严格的限制。

　　强化“以事立案”理念。“以事立案”则是指依据举报提供的线索，先确定存在渎职侵权犯罪事实，通过秘密初查，科学地定性评估，将有价值的线索列入侦查，收集有罪、无罪、罪重、罪轻的证据，然后固定犯罪嫌疑人。实践表明，“以事立案”比“以人立案”更有优势。“以事立案”的案件中犯罪事实已查清，有利于侦查人员获取犯罪嫌疑人口供，也有利于扩大案件线索来源。

　　规范侦查活动。要做到，第一，严格遵守全程录音录像的程序规范，规范侦查人员的执法办案行为，有效防止刑讯逼供、暴力取证的行为发生。同时保障侦查人员的安全，防止犯罪嫌疑人对依法进行讯问的侦查人员恶意诬告和投诉。第二，规范使用技术侦查措施，严格限定技术侦查措施使用的审批程序和适用情况，并加强对通过技术侦查措施所获得的材料和信息保密工作。